Руслан, нужно смотреть условия вашего кредитного договора и заявление, которое вы писали на погашение части долга. Если договором предусмотрено только частичное досрочное погашение по распоряжению клиента (не автоматическое), то Вам должны были дать отказ по заявлению, а денежные средства не трогать. Если предусмотрено автоматическое списание полной суммы поступления денежных средств в счет досрочного частичного погашения, то банк прав.
Если в договоре, который Вы подписали,не предусмотрено сокращение срока кредитования, значит, Вы согласились с этим условием. Вы вправе перекредитоваться в другом банке и сократить срок погашения.