Алина. Наличие долга не влияет на возможность получения налогового вычета. Оно возникает при иных обстоятельствах и связано с возвратом уплаченного налога с доходов и может не возникнуть только при непредоставлении необходимых документов для вычета (3НДФЛ, платежные документы, свидетельства о собственности и т.д.).
Однако, в соответсвтии со ст. 78 НК РФ, при предоставлении налогового вычета налоговый орган вправе произвести зачет суммы неуплаченного налога, а также пени и штрафа в счет вычета платежей налогоплательщика на основании письменного заявления (заявления, представленного в электронной форме с усиленной квалифицированной электронной подписью по телекоммуникационным каналам связи или представленного через личный кабинет налогоплательщика) налогоплательщика при условии и в пределах налогов того же типа. По скольку типы налогов у Вас не совпадают, то и зачета тут не будет (разные типы налогов: региональный и федеральный).