Наталья, по моему мнению выплатить должны, так как вы встали на очередь и были признаны нуждающимися в улучшении жилищных условий до того как построили дом. Главное соблюсти условия получения субсидии, а именно:
Участник ам подпрограммы "Устойчивое развитие сельских территорий Липецкой области на 2014 - 2017 годы и на период до 2020 года" предоставляются социальные выплаты на приобретение или строительство жилья. Указанные виды социальных выплат могут быть направлены:
на приобретение жилого помещения в сельской местности. Социальная выплата не может быть использована на приобретение жилого помещения у близких родственников (супруга (супруги), дедушки (бабушки), внуков, родителей (в том числе усыновителей), детей (в том числе усыновленных), полнородных и неполнородных братьев и сестер), а также на приобретение жилого помещения, в котором гражданин постоянно проживает;
на строительство жилого дома (создание объекта индивидуального жилищного строительства или пристроенного жилого помещения к имеющемуся жилому дому) в сельской местности, в том числе на завершение ранее начатого строительства жилого дома;
на участие в долевом строительстве жилых домов (квартир) в сельской местности;
на уплату первоначального взноса, а также на погашение основного долга и уплату процентов по ипотечным жилищным кредитам, целевым займам (кредитам) при условии признания гражданина на дату заключения соответствующего кредитного договора (договора займа) имеющим право на получение социальной выплаты и включения его в список граждан, изъявивших желание улучшить жилищные условия с использованием социальных выплат, формируемый органом местного самоуправления.
Использование социальных выплат на уплату иных процентов, штрафов, комиссий и пеней за просрочку исполнения обязательств по этим кредитам (займам) не допускается.
Так как вопрос очень серьезный. Я рекомендую вам письменно отправить этот вопрос в управление капитального строитьельства Липецкой области и получить от них письменно разъяснения. Это вам пригодится в случае, если возникнут проблемы с выплатами. Но думаю, что этого не случится.